用刮板清粪，或用水刷地面清粪，或将将奶牛排粪后经缝隙落入粪沟，再用水或刮粪板将其送到粪池，无论哪种管理方式，小区每日排出的污水量都是很大的。一头成年牛每天的粪尿排泄量约为31 kg，冲刷用水约为其2倍，再加上其他污水，按400头成年奶牛的小区规模计算，每天产生36.8 t的含粪量很高的污水，不作处理任意排放，必将会污染环境;如对其进行一定处理，除减少对环境的污染外，尚能节约用水。处理粪水或污水的方法，一般均须现经物理处理，再进行生物处理，然后排放或循环使用。
2.1物理处理 用存贮、沉淀、分离等方法处理。
2.1.1贮粪池 进行粪尿分离。粪呈固态贮放时，贮粪池应设在生产区的下风处，与住宅保持200 m以上，与奶牛舍保持100 m的卫生间距。贮粪池一般深1 m，宽9～10 m，长30～50 m。底部用水泥池做底，以防粪液渗漏。若按贮放6个月，堆高1.5 m计算，每头奶牛所需贮粪面积2.5 m2。贮粪池底应有坡度，使粪水流向集液井，以便于取用。
2.1.2粪水池 其容积，一般按体重450 kg的奶牛每天每头0.07～0.08 m3，贮期按6个月计算。粪水池可直接修在紧靠牛舍的地段，但由于清除粪水时产生大量的臭气，故建议应远离奶牛舍60 m以上，并应离开居民住宅150 m以上，并在其下方向。粪水池应尽可能防止雨水淌入，又要避免池内粪水溢出。同时，粪池应远离任何水源，以防污染。其深度一般为2.5～3.0 m，宽度不大于18 m。粪水池有地上式、地下式及半地下式三种。地上式粪水池在地下水位高、土层薄或池内面积不够的情况下采用。形状有方形、圆形及罐状等，所采用材料有防腐木板、水泥板、浇注混凝土、防锈金属板等。无论用何种材料，其基础都必须坚固，池壁必须有足够的承压能力。
2.1.3沉淀池 粪水在池内静置可使50～85 %的固形物沉淀。由于固形物沉底既可减少恶臭气味的产生，又便于清液的利用。为便于沉淀，沉淀池应大而浅，但其水深不小于0.6 m，以保证粪水进入沉淀池时不致将已沉底的残渣充起。其最大深度应不超过1.2 m。沉淀面积的确定，一般以每小时粪水量计算，通常采用每小时1000 m3流入量应有1立方米的沉淀面积。
2.2生物处理 利用污水中微生物的作用来分解其中的有机物，是水质到达排放要求。
2.2.1氧化池 采取向氧化池粪水中补充空气以供氧，促进好气菌繁殖分解有机固形物，以达到粪便无害化粪水处理方式。在氧化池中，为加速细菌分解，应尽量不使固形物沉淀，因此粪水在池中的流速应保持在每秒0.45～0.60 m。氧化池水深一般0.9～1.5 m。
2.2.2生物塘 生物塘可分为充气的、厌气的和兼性的三种。
充气生物塘：利用曝气机将氧气充入生物塘，使粪便中好气微生物生长繁殖，对其中有机物进行分解。厌气生物塘：无大气中氧的输入，有机物的分解分两步：第一步是分解，由嗜酸细菌将有机物分解为不稳定的酸;第二步由甲烷菌发酵，产生二氧化碳与甲烷。使用厌气生物塘实质上是使之产生沼气或作沉淀使用，可以减少好气性处理的负荷。
兼性生物塘：生物塘表面为好气带，底层为厌气带，好气菌与厌气菌均可对有机物进行分解发酵。在未结冰时期，塘内有一条界限分明的热分界线，可防止上、下塘水混合。
